Hop, je m'auto répond... J'ai un peu fouillé et j'ai trouvé où modifier cela... Mais cela n'a rien à voir avec MUI. D'ailleurs, pourquoi cette variable n'est pas incluse dans les paramètres de MUI ?
Donc, pour modifier ceci, il faut aller dans :
SYS:Prefs/Skin/SkinName/SkinConfig
Et modifier le code couleur de la ligne :
;---------------------------- COLORS CONFIGURATION -------------------------------
SYSTEMPEN 0 0xXXXXXX ;Window Background